腹泻室负责病毒性腹泻的预防控制工作，为预防控制病毒性腹泻提供科学依据和参考意见；开展全国病毒性腹泻监测工作，建立和完善全国病毒性腹泻实验室监测网络系统，组织全国病毒性腹泻监测、信息收集与处理；对地方病毒性腹泻的预防和控制提供科学指导与服务；进行病毒性腹泻重大疫情的现场处置；开展国际合作，进行全球的病毒性腹泻预防控制工作；进行腹泻病毒病原学、流行病学和免疫学等科学研究，进行和诊断、预防和治疗有关的生物技术研究，为病毒性腹泻的预防控制提供科学技术支持；进行轮状病毒、杯状病毒、星状病毒及其他腹泻相关病毒的研究；培养病毒性腹泻预防控制和研究的人才。