负责全国乙型脑炎和狂犬病的监测和实验室工作，对各地病毒性脑炎和狂犬病的预防控制进行技术指导与服务；进行病毒性脑炎和狂犬病重大疫情的现场处置；开展国际合作，参与全球病毒性脑炎和狂犬病预防控制和科研工作；建立和完善乙型脑炎和狂犬病监测网络和病毒检测与参比系统，组织全国病毒性脑炎和狂犬病监测、信息收集与处理；进行病毒性脑炎和狂犬病病原学、流行病学、遗传学、免疫学、致病机理及相应的诊断、疫苗和治疗等病毒生物技术研究，为病毒性脑炎和狂犬病预防控制提供科学技术支持；培养病毒性脑炎和狂犬病预防控制和研究人才。