最根本的区别是第一类疫苗是国家免费提供的、公民有义务需要接种的疫苗。一部分疫苗纳入第一类疫苗范围，是根据国家的财力、我国传染病流行的情况来决定的，是为了优先控制严重危害我国儿童健康的传染病。是否确定为一类疫苗，还要根据该疫苗能否安全有效地预防疫苗针对传染病的发生、流行；此外，还要考虑到疫苗的生产成本，国家财政能否负担。

第一类疫苗与第二类疫苗的品种不是固定不变的，根据我国疾病预防控制工作的需要，随着国民经济的发展与提高，原来属于第二类疫苗的产品，也有可能被纳入到第一类疫苗进行管理。如2002年前接种乙肝疫苗都是由受种者承担一切费用，但是，根据预防控制乙肝的需要，随着国民经济的发展，国务院决定从2002年起，将乙肝疫苗纳入国家免疫规划疫苗，由原来的第二类疫苗变为第一类疫苗。

第一类疫苗与第二类疫苗的区分是相对的，不会绝对不变。由于国家的经济承受能力、疫苗的供应等多种原因，第二类疫苗暂时实行自费接种，随着条件的成熟，许多第二类疫苗也将纳入国家免疫规划成为免费接种疫苗。其次第二类疫苗的管理，从技术来说，与第一类疫苗没有差别，不管是流通环节还是使用环节，技术要求都是一致的。