接种流感疫苗是安全的，但如同其他医疗产品一样，流感疫苗也可能会出现不良反应。接种流感疫苗常见的副作用主要表现为局部反应，包括接种部位红晕、肿胀、硬结、疼痛、烧灼感等，全身反应有发热、头痛、头晕、嗜睡、乏力、肌痛、周身不适、恶心、呕吐、腹痛、腹泻等。这些不良反应通常是轻微的，并且通常会在几天内自行消失，极少出现重度反应。
我国原有的三价流感疫苗和2018年开始上市的四价流感疫苗均为肌肉注射的灭活疫苗。四价流感疫苗和三价流感疫苗在安全性上没有差别，国产的流感疫苗和进口流感疫苗相比安全性也没有显著性的差别。 
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