由于流感的症状、体征缺乏特异性，易与普通感冒和其他上呼吸道感染相混淆。流感确诊有赖于实验室诊断，检测方法包括病毒核酸检测、病毒分离培养、抗原检测和血清学检测等。

1. 病毒核酸检测  检测患者呼吸道标本（咽拭子、鼻拭子、鼻咽拭子或气管抽取物、痰）中的流感病毒核酸，病毒核酸检测的特异性和敏感性较好，且能快速区分病毒型别和亚型/系，其中实时荧光RT-PCR方法是目前诊断流感病毒感染的主要手段。随着检测技术发展，快速床边核酸检测或成为流感病毒诊断更为便捷的手段。

2. 病毒分离培养  流感病毒可在狗肾、猴肾、人胎肾、牛肾、地鼠肾和鸡胚细胞等原代细胞培养中生长。目前多采用狗肾传代细胞（MDCK细胞）和鸡胚细胞培养，从呼吸道标本中分离流感病毒。细胞病变因毒株而异，培养结果常用红细胞凝集试验初步判定。病毒培养用时较长，目前主要用于新型流感病毒的鉴定、病毒的变异分析，不作为常规的病例诊断手段。

3. 病毒抗原检测（快速诊断试剂检测）  快速抗原检测比较快捷方便，但灵敏度低于核酸检测，结果的解释应结合患者的流行病史和临床症状综合考虑，阴性的筛检结果可能是假阴性，可考虑使用核酸检测进一步确认。

4. 血清学诊断  检测流感病毒特异性IgM和IgG抗体水平。动态检测的IgG抗体水平恢复期比急性期有4倍或以上升高有回顾性诊断意义。抗体检测可以用于回顾性调查，但对病例的早期诊断意义不大。

5. 测序  流感病毒的序列变异分析依赖于序列测定，包括一代测序和近年来发展的多种深度测序平台技术。测序技术在新亚型流感病毒的确定中发挥主要作用，但是耗时且费用高，目前不建议用于常规季节性流感病例的诊断。