甲型流感病毒在动物中广泛存在，所有亚型都可以感染禽类特别是水禽，同时还可以感染猪、马、海豹、鲸和水貂等哺乳动物。已发现人可感染多种亚型的甲型流感病毒，其中最常见的是H1-H3和N1、N2亚型。甲型流感病毒由于其宿主众多及其结构特点，常发生变异，在人群免疫压力下，每隔2-3年就会出现重要的抗原变异株，导致人群普遍易感，引起季节性流行。人是乙型流感病毒的自然宿主，在海豹和雪貂中也有发现，其变异较少，可引起季节性流行。丙型流感病毒感染人、狗和猪，其结构较甲乙两型稳定，80%的人在7-10岁时就已有丙型流感病毒的抗体，提示儿童期的普遍感染继而获得免疫，因此大多仅导致上呼吸道感染的散发病例，几乎仅有2岁以下儿童表现为下呼吸道感染，如支气管肺炎。丁型流感病毒主要感染猪、牛等，尚未发现感染人。