一、全国首例
我国境内发现首例中东呼吸综合征疑似病例，经所在省（区、市）的省级临床专家组初步判定后，由省级卫生计生行政部门报告国家卫生计生委。省级疾控机构对疑似病例标本进行检测，至少单靶标PCR阳性后，送中国疾病预防控制中心进行核酸检测和病毒分离。
病毒检测为阳性结果时，国家卫生计生委组织国家级诊疗专家组，根据该病例的流行病学史、临床症状和体征、辅助检查结果等，按照国家卫生计生委制定的诊疗方案进行诊断。
二、各省份首例及后续病例
各省份首例中东呼吸综合征病例由发生地省级卫生计生行政部门组织省级临床专家组结合病例的流行病学史、临床表现、省级疾病预防控制中心检测结果及中国疾病预防控制中心实验室复核检测结果等，按照诊疗方案进行诊断，由省级卫生计生行政部门报告国家卫生计生委备案。
各省份后续病例的诊断仍按上述程序进行，但实验室诊断依据可不需要中国疾病预防控制中心实验室的复核检测结果。