国家流感中心在流感防治与研究方面进行了大量工作，发表了大量的科研论文，为我国及世界的流感工作提供了大量的科学依据。2004年至今已发表论文140余篇，其中包括 SCI文章40余篇。2004年前发表的文章已基本整理成《我国著名流感病毒学家郭元吉论文集》。同时为了指导全国流感监测和研究，出版流感专著2部，分别为1958年编写的《流行性感冒手册》及1997年撰写的《流行性感冒病毒及其实验技术》。此外，国家流感中心专家还参加了20余本学术专著的撰写。由于突出的工作和贡献，国家流感中心多次获得各种学术奖励。
