疾病控制办公室为病毒病所的独立业务部门，主要职责：

（一）病毒病所疾病控制和应急相关工作的组织、协调。

（二）负责病毒病疫情及相关信息的收集和分析。

（三）组织相关科室共同进行疾病监测、流行病学和现场工作。

（四）协助所领导和相关科室制订、完善各种应急预案、技术方案和工作程序。

（五）确保及时、准确完成上级下达的突发疫情现场处置、救灾防病及反生物恐怖等各项任务。

（六）完成上级交办的其它工作。